图书介绍
生物复杂网络挖掘关键技术研究PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载
- 林志杰著 著
- 出版社： 北京：清华大学出版社
- ISBN：9787302518907
- 出版时间：2019
- 标注页数：137页
- 文件大小：44MB
- 文件页数：145页
- 主题词：智能机器人－智能模拟－研究
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图书目录
第1章 绪论1
1.1 蛋白质互作网络3
1.1.1 蛋白质相互作用数据库4
1.1.2 算法预测的蛋白质相互作用数据库7
1.2 蛋白质互作网络相关研究12
1.2.1 蛋白质相互作用的预测14
1.2.2 蛋白质复合物的识别14
1.2.3 蛋白质网络比对16
1.2.4 蛋白质网络可视化17
1.3 本章小结18
第2章 蛋白质互作网络的研究进展19
2.1 蛋白质相互作用的预测20
2.2 传统的预测PPI方法22
2.3 检测PPI的计算方法25
2.3.1 基于基因组信息的计算方法25
2.3.2 基于进化信息的计算方法26
2.3.3 基于蛋白质三维结构的计算方法27
2.3.4 基于领域数据的计算方法28
2.3.5 基于蛋白质一级结构的预测方法29
2.3.6 基于图论的预测方法30
2.4 蛋白质复合物的识别31
2.4.1 基于图划分的蛋白质复合物识别32
2.4.2 基于层次聚类的蛋白质复合物识别32
2.4.3 基于密度局部搜索的蛋白质复合物识别33
2.4.4 其他方法35
2.4.5 融合多元数据的蛋白质复合物挖掘研究35
2.5 本章小结36
第3章 利用BenefitRank在加权网络上进行链路预测37
3.1 链路预测问题的分析39
3.2 相关工作41
3.3 相关背景知识43
3.3.1 图的相关知识43
3.3.2 马尔科夫性质45
3.3.3 弱连接与强连接46
3.4 问题定义48
3.5 利用BenefitRank链路预测算法50
3.5.1 预测算法相关定义50
3.5.2 BenefitRank值的计算52
3.6 链路预测相似性函数定义54
3.6.1 基于共同邻居的BenefitRank度量56
3.6.2 基于Adamic-Adar的BenefitRank度量56
3.6.3 基于资源分配的BenefitRank度量57
3.7 实验结果58
3.7.1 实验数据集介绍58
3.7.2 实验设置59
3.7.3 实验结果与分析59
3.8 本章小结68
第4章 基于图模型的蛋白质复合物识别70
4.1 HP-index图模型分析73
4.2 问题描述与定义74
4.3 基于HP-index图模型的蛋白质复合物识别算法分析76
4.3.1 HP-index图模型的蛋白质复合物识别算法描述77
4.3.2 算法分析79
4.4 实验结果79
4.5 本章小结85
第5章 基于随机游走模型的蛋白质复合物识别算法87
5.1 图上的随机游走理论90
5.2 随机过程91
5.3 基因本体论相关研究91
5.3.1 GO的结构92
5.3.2 GO的应用95
5.4 蛋白质网络上的随机游走96
5.4.1 经典算法96
5.4.2 重启型随机游走97
5.5 蛋白质加权网络上的随机游走98
5.6 基于GO语义相似性的假阳性过滤102
5.7 基于随机游走的蛋白质复合物识别算法105
5.8 实验结果与分析108
5.8.1 实验数据108
5.8.2 评价标准110
5.8.3 结果分析112
5.9 本章小结114
第6章 总结116
参考文献120