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![Python科学计算最佳实践 SciPy指南](https://www.shukui.net/cover/18/31377474.jpg)
- (澳)胡安·努内兹-伊格莱西亚斯,(美)斯特凡·范德瓦尔特,(澳)哈丽雅特·达士诺著;陈光欣译 著
- 出版社: 北京:人民邮电出版社
- ISBN:9787115499127
- 出版时间:2019
- 标注页数:206页
- 文件大小:25MB
- 文件页数:229页
- 主题词:软件工具-程序设计
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图书目录
第1章 优雅的NumPy:Python科学应用的基础1
1.1数据简介:什么是基因表达2
1.2 NumPy的N维数组6
1.2.1为什么用N维数组代替Python列表7
1.2.2向量化9
1.2.3广播9
1.3探索基因表达数据集10
1.4标准化13
1.4.1样本间的标准化13
1.4.2基因间的标准化19
1.4.3样本与基因标准化:RPKM21
1.5小结27
第2章 用NumPy和SciPy进行分位数标准化28
2.1获取数据30
2.2独立样本间的基因表达分布差异30
2.3计数数据的双向聚类33
2.4簇的可视化35
2.5预测幸存者37
2.5.1进一步工作:使用TCGA患者簇41
2.5.2进一步工作:重新生成TCGA簇41
第3章 用ndimage实现图像区域网络42
3.1图像就是NumPy数组43
3.2信号处理中的滤波器48
3.3图像滤波(二维滤波器)53
3.4通用滤波器:邻近值的任意函数55
3.4.1练习:康威的生命游戏56
3.4.2练习:Sobel梯度幅值56
3.5图与NetworkX库57
3.6区域邻接图60
3.7优雅的ndimage:如何根据图像区域建立图对象63
3.8归纳总结:平均颜色分割65
第4章 频率与快速傅里叶变换67
4.1频率的引入67
4.2示例:鸟鸣声谱图69
4.3历史74
4.4实现75
4.5选择离散傅里叶变换的长度75
4.6更多离散傅里叶变换概念77
4.6.1频率及其排序77
4.6.2加窗83
4.7实际应用:分析雷达数据86
4.7.1频域中的信号性质91
4.7.2加窗之后93
4.7.3雷达图像95
4.7.4快速傅里叶变换的进一步应用99
4.7.5更多阅读99
4.7.6练习:图像卷积100
第5章 用稀疏坐标矩阵实现列联表101
5.1列联表102
5.1.1练习:混淆矩阵的计算复杂度103
5.1.2练习:计算混淆矩阵的另一种方法103
5.1.3练习:多类混淆矩阵104
5.2 scipy.sparse数据格式104
5.2.1 COO格式104
5.2.2练习:COO表示105
5.2.3稀疏行压缩格式106
5.3稀疏矩阵应用:图像转换108
5.4回到列联表112
5.5图像分割中的列联表113
5.6信息论简介114
5.7图像分割中的信息论:信息变异117
5.8转换NumPy数组代码以使用稀疏矩阵119
5.9使用信息变异120
第6章 Sci Py中的线性代数128
6.1线性代数基础128
6.2图的拉普拉斯矩阵129
6.3大脑数据的拉普拉斯矩阵134
6.3.1练习:显示近邻视图138
6.3.2练习挑战:稀疏矩阵线性代数138
6.4 PageRank:用于声望和重要性的线性代数139
6.4.1练习:处理悬挂节点144
6.4.2练习:不同特征向量方法的等价性144
6.5结束语144
第7章 SciPy中的函数优化145
7.1 SciPy优化模块:sicpy.optimize146
7.2用optimize进行图像配准152
7.3用basin hopping算法避开局部最小值155
7.4选择正确的目标函数156
第8章 用Toolz在笔记本电脑上玩转大数据163
8.1用yield进行流处理164
8.2引入Toolz流库167
8.3 k-mer计数与错误修正169
8.4柯里化:流的调料173
8.5回到k-mer计数175
8.6全基因组的马尔可夫模型177
后记182
附录 练习答案186
作者简介206
封面简介206