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1　计算基因搜寻1

1.1 引言1

1.2　遗传作图1

目录1

1.3　物理作图4

2.2　双酶切问题 16

1.4　测序6

1.5　相似性搜寻8

1.6　基因预测9

1.7　突变分析10

1.8　比较基因组11

1.9　蛋白质组学13

2　限制酶切作图15

2.1 引言15

2.3　双酶切问题的多重解17

2.4　着色图中的交错圈20

2.5　交错欧拉圈的变换21

2.6　物理图谱与交错欧拉圈23

2.7　部分酶切问题25

2.8　同效集26

2.9.1 光学作图28

2.9　若干其他的问题和方法28

2.9.2　加探针部分酶切作图29

3　图谱装配30

3.1 引言30

3.2　非惟一探针的作图33

3.3　惟一探针的作图36

3.4 区间图37

3.5　用限制酶切片段指纹图谱作图39

3.6.2　筛选克隆文库41

3.6　若干其他的问题和方法41

3.6.1 Lander-Waterman统计41

3.6.3　放射杂交作图42

4　测序44

4.1 引言44

4.2　重叠、排列和共有序列45

4.3　双管鸟枪测序46

4.4　若干其他的问题和方法47

4.4.1　最短超字符串问题47

4.4.2　DNA测序的结束阶段48

5.1 引言49

5　DNA阵列49

5.2　杂交测序51

5.3　SBH和最短超字符串问题52

5.4　SBH和欧拉路问题53

5.5　惟一序列重构的概率56

5.6　字符串重排57

5.7　2-最优欧拉圈60

5.8　杂交法定位测序62

5.9　DNA阵列的设计62

5.10　DNA阵列的分辨率64

5.11 多探针阵列与均匀阵列的比较65

5.12 DNA阵列的制造66

5.13　若干其他问题和方法69

5.13.1　利用通用碱基的SBH69

5.13.2 自适应SBH70

5.13.3　SBH-类型的鸟枪测序法70

5.13.4　DNA阵列的保真探针70

6　序列比较71

6.1 引言71

6.2　最长共同子序列问题73

6.3　序列联配75

6.4　局部序列联配76

6.5　有缺口罚分的联配77

6.6　空间效率高的序列联配77

6.7　杨氏表79

6.8　最长共同子序列的平均长度82

6.9　广义序列联配和对偶性84

6.10　序列比较的原始对偶方法86

6.11　序列联配和整数规划87

6.12　近似字符串匹配88

6.13　依靠数据库的序列比较89

6.14　多重过滤90

6.15　若干其他的问题和方法92

6.15.1　参数的序列联配92

6.15.2　联配统计量和相变92

6.15.3　次优序列联配93

6.15.4　串联重复片段的联配93

6.15.5　筛选数据库中的搜索结果93

6.15.6　文本之间的统计距离93

6.15.7　RNA折叠94

7　多重联配95

7.1 引言95

7.2　计算多重联配的得分96

7.3　装配成对联配97

7.4　多重联配的近似算法98

7.5　装配ι-路联配99

7.6　点阵和图像重构100

7.7　点阵相乘的多重联配101

7.8　若干其他的问题和方法102

7.8.1　借助于进化树的多重联配102

7.8.2　在编辑图中切割角102

8　发现DNA中的信号103

8.1 引言103

8.2 Edgar Allan Poe和DNA语言学104

8.3　适合傻子的最好的赌博106

8.4 Conway等式107

8.5 DNA中的频繁词108

8.6　共有词的分析110

8.7　CG岛和“公平赌场”111

8.8　隐马氏模型112

8.9　Elkhorn赌场和隐马氏模型参数估计114

8.10　剖面隐马氏模型联配114

8.12.2　在带偏倚频率样本中找出信号116

8.12.1　找出带缺口的信号116

8.12　若干其他的问题和方法116

8.11　吉布斯抽样116

8.12.3　信号寻找中字母表的选择117

9　基因预测118

9.1 引言118

9.2　基因预测的统计学方法119

9.3　基于相似性的基因预测方法121

9.4　剪接联配123

9.5　反向基因搜索和cDNA中外显子定位126

9.6　关于基因的多次提问策略127

9.7　可变剪接与癌症128

9.8　若干其他的问题和方法130

9.8.1 基因预测的隐马氏模型130

9.8.2　细菌基因预测131

10　基因组重排132

10.1 引言132

10.2　断点图141

10.3　难以排序的排列142

10.4　期望的反序距离143

10.5　有符号排列145

10.6　交叉图和障碍146

10.7　排列的等价变换149

10.8　搜索安全反序153

10.9　清除障碍156

10.10　反序距离的对偶定理160

10.11　反序排序算法163

10.12　人基因组变换成老鼠基因组164

10.13　加帽染色体168

10.14　帽子和尾部171

10.15　基因组距离的对偶定理173

10.17.1　基因组重排和系统发育研究175

10.17　若干其他的问题和方法175

10.16　基因组重复175

10.17.2　依照反序排序的快速算法176

11　计算蛋白质组学177

11.1 引言177

11.2　肽测序问题178

11.3　谱图180

11.4　学习离子类型182

11.5　给谱图中的路径打分183

11.6　肽测序与反对称路径185

11.8　谱的卷积186

11.7　肽鉴定问题186

11.9　谱联配188

11.10　依靠谱联配肽191

11.11　若干其他的问题和方法192

11.11.1　从蛋白质组学到基因组学192

11.11.2　大尺度蛋白质分析192

12　问题193

12.1 引言193

12.2　限制酶切作图193

12.3　图谱装配195

12.4　测序196

12.5 DNA阵列197

12.6　序列比较199

12.7　多重联配202

12.8　探测DNA中的信号203

12.9　基因预测203

12.10　基因组重排204

12.11　计算蛋白质组学206

13　必须了解的分子生物学208

参考文献211

索引230