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第一章 RNA工具酶1

第一节 RNA聚合酶1

一、依赖于DNA的RNA聚合酶1

二、不依赖于DNA的RNA聚合酶3

主要参考文献6

第二节 RNA酶6

一、重组Dicer酶6

二、核糖核酸酶H8

三、S1核酸酶8

四、绿豆核酸酶9

五、核糖核酸酶A10

八、核糖核酸酶U211

七、核糖核酸酶T211

六、核糖核酸酶T111

九、核糖核酸酶N212

十、核糖核酸酶Phy M12

十一、小球菌核酸酶12

十二、碱性磷酸酶12

十三、牛脾磷酸二酯酶14

十四、蛇毒磷酸二酯酶14

十五、多核苷酸磷酸化酶14

主要参考文献14

第三节 T4RNA连接酶15

主要参考文献16

第四节 反转录酶16

一、反转录酶RAV-217

二、反转录酶AMV18

三、Mo-MLV反转录酶19

主要参考文献20

第五节 RNA酶抑制剂21

一、焦碳酸二乙酯21

二、氧钒核糖核苷复合物21

三、RNA酶的蛋白质抑制剂22

四、其他RNase抑制剂及产品23

主要参考文献23

第二章 RNA提取纯化24

第一节 动物组织细胞RNA的分离24

一、TRIzol试剂一步分离RNA24

二、哺乳动物细胞总RNA快速分离26

三、哺乳动物细胞胞质RNA的分离28

四、卵和胚胎细胞总RNA提取29

五、CsCl法从培养细胞中提取RNA30

六、CsCl法从组织中提取RNA31

七、从新鲜和冰冻血液中提取RNA32

八、从福尔马林固定、石蜡包埋的组织中提取RNA34

九、大鼠肝rRNA的提取与分离36

十、寡聚脱氧胸苷纤维素纯化带poly(A)+RNA37

十一、生物素化寡聚脱氧胸苷－链亲和素磁珠纯化带poly(A)+RNA38

十二、不同处理组织的方法对提取RNA产量的影响41

主要参考文献42

第二节 植物RNA的分离43

一、酚／SDS法制备植物RNA43

二、从富含多糖的植物组织中提取和纯化RNA44

三、绿色叶片植物叶线粒体RNA的分离47

主要参考文献49

第三节 果蝇RNA的制备50

一、从果蝇胚胎中提取总RNA或poly(A)+RNA50

二、果蝇RNA的大规模制备52

三、小规模快速制备果蝇RNA53

主要参考文献55

第四节 秀丽新小杆线虫RNA制备55

一、材料与设备55

二、操作方法56

三、注意事项57

主要参考文献57

一、酵母总RNA的制备58

第五节 酵母RNA分离58

二、苯酚法制备酵母tRNA59

主要参考文献60

第六节 真菌总RNA的制备60

一、材料与设备60

二、操作方法60

三、注意事项61

主要参考文献61

第七节 细菌RNA分离61

一、从革兰氏阴性菌中分离高质量RNA61

二、从革兰氏阳性菌中分离RNA63

三、从革兰氏阴性菌中快速分离RNA63

第八节 病毒RNA分离64

主要参考文献64

一、流感病毒RNA提取65

二、乙型脑炎病毒RNA提取66

三、甲型肝炎病毒RNA提取67

第九节 从聚丙烯酰胺凝胶中回收RNA片段70

一、材料与设备70

二、操作方法70

三、注意事项71

主要参考文献72

第十节 RNA在甲酰胺中的溶解保存72

一、材料与设备72

二、操作方法72

主要参考文献73

三、注意事项73

第三章 RNA合成与加工74

第一节 RNA体外转录74

一、RNA标准转录反应75

二、RNA大量转录合成79

三、合成5′加帽转录物80

主要参考文献81

第二节 一种简单有效的降低RNA 3′端异质性的转录方法82

一、材料与设备82

二、操作方法83

三、注意事项83

主要参考文献83

第三节 核转录分析83

二、操作方法84

一、材料与设备84

三、注意事项85

主要参考文献86

第四节 RNA放射性标记86

一、材料与设备86

二、操作方法87

主要参考文献87

第五节 RNA反转录88

一、材料与设备89

二、操作方法89

主要参考文献90

第六节 RNA分子连接90

三、注意事项90

一、用T4 DNA连接酶连接RNA分子91

二、用T4 RNA连接酶连接RNA分子93

主要参考文献94

第七节 核酶切割RNA专一位点95

一、材料与设备95

二、操作方法95

三、注意事项95

主要参考文献96

第八节 脱氧核酶切割RNA专一位点96

一、材料与设备96

二、操作方法96

主要参考文献97

第九节 mRNA 3′末端体外加工97

三、注意事项97

一、料与设备98

二、操作方法100

三、注意事项102

主要参考文献103

第四章 mRNA体外翻译104

第一节 mRNA在网织红细胞裂解液中的翻译104

一、材料与设备104

二、操作方法105

三、注意事项106

主要参考文献107

第二节 mRNA在麦胚提取物中的翻译107

一、材料与设备108

二、操作方法109

三、注意事项109

主要参考文献110

第三节 非洲爪蟾卵母细胞体外翻译系统111

一、材料与设备112

二、操作方法113

三、注意事项117

主要参考文献118

第四节 原核细胞体外翻译系统118

一、材料与设备118

二、操作方法119

三、注意事项120

一、材料与设备121

第五节 体外转录与体外翻译耦联的快速反应系统121

主要参考文献121

二、操作方法122

三、注意事项123

主要参考文献123

第六节 体外无细胞体系翻译病毒mRNA124

一、材料与设备124

二、操作方法126

三、注意事项128

主要参考文献128

第五章 RNA分析129

第一节 RNA光谱分析与定量129

二、操作方法130

一、材料与设备130

三、注意事项131

主要参考文献131

第二节 RNA电泳131

一、甲醛变性琼脂糖凝胶电泳132

二、乙二醛／DMSO变性琼脂糖凝胶电泳133

三、氢氧化甲基汞琼脂糖凝胶电泳134

四、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳135

主要参考文献136

第三节 Northern Blot137

一、材料与设备137

二、操作方法138

三、注意事项139

第四节 斑点和狭缝杂交140

主要参考文献140

一、材料与设备141

二、操作方法141

三、注意事项142

主要参考文献143

第五节 RNA S1核酸酶作图143

一、材料与设备144

二、操作方法144

三、注意事项146

主要参考文献146

第六节 引物延伸法RNA分析146

一、材料与设备147

二、操作方法148

三、注意事项149

主要参考文献150

第七节 RNA原位杂交151

一、材料与设备153

二、操作方法154

三、注意事项156

主要参考文献157

第八节 RNaseA/T1保护和RNase H聚焦法158

一、RNase保护法159

二、RNaseH聚焦法161

主要参考文献162

第九节 Fe（II）-EDTA保护测定法162

主要参考文献163

二、操作方法163

一、材料与设备163

第十节 PAT法分析mRNA poly（A）尾长度164

一、材料与设备165

二、操作方法166

三、注意事项167

主要参考文献168

第六章 RNA修饰169

第一节 光活化的核苷酸类似物介导的RNA－蛋白的交联169

一、材料与设备170

二、操作方法171

三、注意事项174

主要参考文献176

第二节 亚甲基蓝介导的光交联反应检测蛋白质与双链RNA的相互作用177

一、材料与设备177

二、操作方法177

三、注意事项178

主要参考文献179

第三节 补骨脂素介导的光交联反应研究RNA与蛋白质分子间的作用179

一、材料与设备180

二、操作方法181

三、注意事项185

主要参考文献186

第七章 反义核酸技术、核酶与脱氧核酶187

第一节 反义核酸技术187

一、反义分子设计188

二、反义分子制备192

三、反义核酸的应用196

四、注意事项201

主要参考文献202

第二节 核酶203

一、锤头型核酶204

二、发夹型核酶210

三、其他类型的核酶211

主要参考文献214

第三节 脱氧核酶215

一、材料与设备216

二、操作方法217

主要参考文献218

第八章 RNA干涉和miRNA220

第一节 RNA干涉220

一、siRNA分子靶位点的选择221

二、化学合成siRNA分子222

三、体外转录合成siRNA分子223

四、采用RNA聚合酶III启动子表达siRNA分子226

五、采用RNaseIII制备siRNA分子230

六、siRNA分子反义单链对靶基因的抑制231

七、注意事项232

主要参考文献232

第二节 miRNA234

一、miRNA克隆235

主要参考文献241

二、微RNA Northern Blot241

第九章 SELEX技术243

第一节 随机RNA文库的SELEX筛选244

一、材料与设备244

二、操作方法245

三、注意事项250

主要参考文献251

第二节 单链DNA文库的SELEX筛选252

一、材料与设备252

二、操作方法252

主要参考文献253

一、概述254

第一节 通过高等真核生物无细胞抽提物分析mRNA的降解254

第十章 与RNA结合并相互作用的蛋白质的制备及其功能研究254

二、材料与设备258

三、操作程序260

四、注意事项262

主要参考文献264

第二节 用RNA的免疫沉淀－rPCR方法进行体内分离核糖核蛋白复合体265

一、材料与设备265

二、实验方法267

三、注意事项270

主要参考文献271

第三节 反义亲和层析法纯化及去除核蛋白复合物272

一、材料与设备272

二、操作方法273

三、注意事项276

主要参考文献277

第四节 U系列小核糖核蛋白颗粒的纯化278

一、材料与设备279

二、操作方法280

三、注意事项283

主要参考文献283

第五节 不均一核糖核蛋白复合物的制备284

一、材料与设备285

二、操作方法286

三、注意事项289

主要参考文献289

第六节 纯化剪接因子SR蛋白290

一、材料与设备291

二、操作方法292

三、注意事项296

主要参考文献296

第七节 制备体外剪接反应用HeLa细胞核和胞质S100提取物297

一、材料与设备297

二、操作方法298

三、注意事项299

主要参考文献300

第八节 哺乳动物细胞体外剪接分析300

一、材料与设备301

二、操作方法302

三、注意事项303

主要参考文献303

一、材料与设备304

第九节 酵母前体mRNA剪接提取物304

二、操作方法309

三、注意事项313

主要参考文献315

第十节 前剪接体和剪接体的分离及分析315

一、材料与设备317

二、操作方法319

三、注意事项321

主要参考文献322

第十一节 酵母剪接体分析322

一、材料与设备323

二、操作方法326

三、注意事项330

主要参考文献331

第十一章 RNA与蛋白质相互作用332

第一节 抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白332

一、材料与设备333

二、操作方法334

三、注意事项336

主要参考文献337

第二节 利用大肠杆菌系统检测RNA与RNA结合蛋白的相互作用337

一、材料与设备338

二、操作方法339

三、注意事项342

第三节 噬菌体展示技术研究RNA结合蛋白343

主要参考文献343

一、材料与设备344

二、操作方法346

三、注意事项353

主要参考文献353

第四节 天然RNA文库筛选与蛋白特异性结合的RNA序列354

一、材料与设备354

二、操作方法355

三、注意事项358

主要参考文献359

第五节 Northwestern筛选蛋白表达文库359

一、材料与设备360

二、操作方法361

三、注意事项363

主要参考文献364

第六节 液相法筛选cDNA表达文库中RNA结合蛋白364

一、材料与设备365

二、操作方法365

三、注意事项366

主要参考文献367

第七节 酵母三杂交系统检测和分析RNA－蛋白相互作用367

一、基本原理和过程368

二、RNA与蛋白质作用研究370

主要参考文献376

第八节 采用PACE分析RNA－肽相互作用377

一、材料与设备378

二、试验方法380

三、注意事项382

主要参考文献383

第九节 RNA足迹和修饰干扰分析384

一、材料与设备386

二、操作方法387

三、注意事项393

主要参考文献394

第十节 RNA－蛋白复合物中寡核苷酸靶向的RNase H切割保护实验395

一、材料与设备396

二、试验方法398

三、注意事项401

主要参考文献402

第十一节 硝酸纤维素滤膜结合实验确定RNA－蛋白质解离常数402

二、操作方法403

一、材料与设备403

三、注意事项405

主要参考文献406

第十二节 凝胶阻滞实验分析RNA－蛋白质作用常数406

一、材料与设备408

二、操作方法408

三、注意事项409

主要参考文献410

第十二章 RNA二级结构预测411

第一节 概述411

一、RNA二级结构的基本组成单元413

二、基于最低自由能和基于螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测算法介绍413

主要参考文献415

一、RNAStructure软件使用方法简介416

第二节 常用RNA二级结构预测软件的使用方法416

二、mfold软件使用方法简介418

主要参考文献424

第三节 pBV220载体中外源基因高效表达设计步骤424

一、基本原理和方法425

二、pBV220载体中外源基因高效表达设计步骤426

主要参考文献427

第十三章 RNA网上资源428

第一节 综合网站428

一、RNA世界网站428

二、RNA学会网站433

一、RNA杂志和术语435

第二节 其他网站435

主要参考文献435

三、RNA Webring网站435

二、日本RNA学会网站436

三、miRNA网站436

四、RNAi相关网站436

五、非编码RNA相关网站436

六、巴斯德研究所网站437

七、生物软件网438

八、RNA技术论坛438

九、RNA领域相关公司网站438

主要参考文献439

附录440

索引474