RNA干扰的生物学原理与应用PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

RNA干扰的生物学原理与应用PDF格式电子书版下载

注意：本站所有压缩包均有解压码： 点击下载压缩包解压工具

1 RNA干扰理论的研究历程1

1.1 RNA干扰理论的萌芽阶段2

1.2 RNA干扰理论的诞生5

1.3 RNA干扰理论的白热化阶段7

1.4 RNA干扰技术加盟基因组学11

1.5 RNA干扰的研究前沿12

2 RNA干扰理论的开发应用前景14

2.1 RNA干扰：科学时髦还是技术革命14

2.2 RNA干扰是生物体细胞调节基因表达的内在机制15

2.3 RNA干扰工作机制的特点16

2.3.1 RNA干扰技术应用的普遍性17

2.3.2 RNA干扰的高效性17

2.4 RNA干扰是基因功能分析的工具18

2.3.3 RNA干扰的特异性18

2.4.1　体外细胞培养19

2.4.2 RNA干扰芯片分析系统20

2.4.3　“基因敲低小鼠”21

2.5 RNA干扰应用于疾病治疗的前景22

2.5.1　用于疾病治疗的RNA干扰工具23

2.5.2　体内注入RNA干扰的方案26

2.5.3　RNA干扰疗法的适应证27

3 RNA对基因表达的调控33

3.1 转录水平的基因沉默33

3.1.1 RNA介导的DNA甲基化34

3.1.2 RNA介导的异染色质形成41

3.1.3 RNA介导的DNA分子消融43

3.2　转录后水平的基因沉默：siRNA介导的RNA干扰44

3.2.1　生物体自然的RNA干扰现象45

3.2.2 siRNA介导的RNA干扰的机制47

3.2.3 RNA干扰的生物学意义52

3.3　转录后水平的基因沉默：miRNA介导的RNA干扰54

3.3.1 miRNA分子的发现54

3.3.2 miRNA分子的筛查方法55

3.3.3 miRNA的生物来源55

3.3.4 miRNA的功能分类56

3.3.5 miRNA与siRNA介导的RNA干扰机制的联系与区别57

4 RNA干扰的生物化学59

4.1 研究RNA干扰生物化学的模型59

4.1.1 RNA干扰体内研究的初探59

4.1.2 RNA干扰的生物化学模型60

4.1.3 哺乳动物细胞中RNA干扰的生化机制61

4.2 RNase Ⅲ的研究62

4.2.1　细菌的RNase Ⅲ63

4.2.2　酵母RNase Ⅲ同源分子的底物和功能67

4.2.3　高等真核生物RNase Ⅲ同源分子结构与功能69

4.3 Dicer的研究70

4.3.1 Dicer的生物学特性70

4.3.2 Dicer的生物学功能71

4.4 RISC复合酶的研究73

4.5 RNA依赖性RNA聚合酶的研究78

4.5.1　番茄细胞RdRP的发现79

4.5.2 RdRP的纯化和物理特性80

4.5.3 RdRP的体外催化特性80

4.5.4 RdRP在基因沉默中的作用81

4.5.5 RdRP同源基因在几种生物基因沉默中的研究82

4.5.6　基因沉默中RdRP作用模型84

4.6 RNA和DNA解旋酶85

5　小分子干扰RNA87

5.1　小分子干扰RNA87

5.1.1 siRNA的起源与定义87

5.1.2 RISC的形成以及mRNA的切割87

5.1.3 siRNA介导的RISC复合体对mRNA的剪切作用88

5.2　微小分子干扰RNA89

5.2.1 miRNA的发现与定义89

5.2.2 miRNA的生物起源90

5.2.3 miRNA对基因表达的抑制性调控92

5.2.4　miRNA的研究手段96

5.3.1 siRNA与miRNA具有不同的起源98

5.3.2 siRNA与miRNA对基因调控有不同的调控方式98

5.3　两种引起RNA干扰的功能小分子的异同及其作用98

5.3.3　未来要解决的问题99

6　线虫的RNA干扰机制和应用100

6.1　线虫模型的简介101

6.1.1　理想的模式生物——秀丽新杆线虫101

6.1.2　优秀的研究模型103

6.1.3　用于基因功能分析的秀丽新杆线虫104

6.2　线虫的RNA干扰机制105

6.2.1　线虫RNA干扰特点及分子机制105

6.2.2　放大倍增作用108

6.2.3　RNA干扰技术要点109

6.3　线虫RNA干扰的实验技术110

6.3.1　体外dsRNA的构建110

6.3.2 dsRNA的表达产生途径111

6.3.3 siRNA的合成方法112

6.3.4 dsRNA的导入方法113

6.3.5　表达双链dsRNA的转基因线虫116

6.4 RNA干扰在线虫中的应用116

6.4.1 RNA干扰技术的优点116

6.4.2　线虫功能基因组学的理想工具117

6.4.3　用于研究线虫信号传导119

6.4.4　寄生虫的RNA干扰119

6.4.5　发育生物学与神经科学120

6.4.6　生物进化分析120

6.5 stRNA与miRNA121

7　果蝇的RNA干扰机制及其应用123

7.1　果蝇模型的简介124

7.1.1　优秀的模式生物——果蝇124

7.1.2　果蝇细胞株的选择与培养125

7.2　果蝇中的RNA干扰机制126

7.2.1 Dicer的发现以及其作用方式127

7.2.2 RNA干扰的标准模型128

7.2.3 RNA诱导的沉默复合体——RISC130

7.2.4 RNA干扰是一个依赖ATP的过程131

7.3　果蝇RNA干扰的实验技术131

7.3.1 双链RNA的制备131

7.3.2 细胞转染134

7.3.3　转染结果分析136

7.4 RNA干扰在果蝇中的应用137

7.4.1　功能基因组学研究137

7.4.2　热诱导控制139

7.4.3　在治疗疾病和药物开发中的应用139

7.4.4　研究信号传导通路141

8　高等生物的RNA干扰142

8.1　高等植物的RNA干扰机制142

8.1.1　植物功能基因研究中的问题142

8.1.2　植物中不同的RNA沉默途径143

8.1.3　植物中RNA干扰的机制144

8.1.4　植物RNA干扰的蛋白质家族144

8.1.5　植物RNA干扰的常用载体种类及其优缺点145

8.1.6　植物RNA沉默的启动和放大146

8.1.7　植物中miRNA的反馈调节147

8.1.8　植物中miRNA的功能研究148

8.2　哺乳动物的RNA干扰机制152

8.2.1 哺乳动物中的RNA干扰机制152

8.2.2　哺乳动物中的两种RNA干扰类型154

8.2.3　动物模型的研究155

8.2.4 miRNA的研究157

8.2.5　哺乳动物细胞内小分子RNA在DNA甲基化和异染色质化中的作用159

8.2.6 RNA干扰机制与生物医学应用的联系160

8.2.7 RNA干扰在临床治疗中的问题和挑战165

9 siRNA的设计方法166

9.1　随机siRNA设计法169

9.2　常规siRNA设计法170

9.3　应用反义寡核苷酸芯片筛选siRNA173

9.3.1　筛选mRNA中易接近的区域174

9.3.2 针对IGFIR设计siRNA175

9.4　运用多元生物信息法则设计siRNA176

9.4.1　理性siRNA设计的生物学原理177

9.4.2　理性规则设计的siRNA的效能和寿命178

9.4.3　理性规则设计的siRNA的特异性179

10　外源性siRNA的合成和体外导入方法181

10.1 siRNA的化学合成182

10.1.1 siRNA的化学合成方法182

10.1.2 siRNA的2′-ACE去保护和退火182

10.1.3 siRNA去盐和乙醇沉淀183

10.1.4 siRNA定量检测184

10.2 T7启动的体外转录和酶切siRNA合成184

10.2.1 体外转录法合成siRNA的原理185

10.2.2　设计DNA寡核苷酸模板合成siRNA186

10.2.3　设计去氧核酶合成siRNA186

10.2.4　体外酶切双链RNA法生产siRNA191

10.3 DNA质粒载体表达的siRNA193

10.3.1 Pol Ⅱ启动双链RNA表达193

10.3.2 Pol Ⅲ启动siRNA表达194

10.4　病毒载体携带的siRNA195

10.4.1 肿瘤逆转录病毒载体表达siRNA/shRNA195

10.4.2　腺病毒和腺相关病毒载体表达siRNA/shRNA196

10.4.3　蔓病毒载体携带siRNA197

11 RNA干扰技术在基因功能研究中的应用202

11.1　基因组范围的基因功能系统性筛查203

11.1.1 RNA干扰技术用于基因组功能筛查的程序204

11.1.2 RNA干扰技术和正向遗传学技术209

11.1.3 RNA干扰技术在系统性基因组功能筛查中的意义211

11.2　基因干预动物模型与在体基因功能研究212

11.2.1　利用基因打靶建立基因敲除鼠213

11.2.2　转基因小鼠215

11.2.3 RNA干扰的基因敲低鼠217

12.1 高压静脉注射法导入siRNA220

12　体内导入siRNA的技术220

12.1.1　高压静脉注射法的靶器官221

12.1.2　高压静脉注射法的原理226

12.2　高压静脉注射法的临床应用雏型：隔离型肝脏灌注法228

12.2.1　肝脏插管灌注方法的发展228

12.2.2　隔离型肝脏灌注的原理和方法229

12.2.3　隔离型肝脏灌注法的治疗效果230

12.2.4　隔离型肝脏灌注法应用于导入siRNA的前景231

12.3　提高体内siRNA生物稳定度的化学修饰方法232

12.3.1 “加帽”的siRNA232

12.3.2　硫代磷酸酯siRNA233

12.3.3 甲基化和烯丙基化的siRNA234

12.3.4　硼烷磷酸酯siRNA234

12.4.1 应用胆固醇衍生物在肝脏导入siRNA237

12.4　细胞选择性导入siRNA的方法237

12.4.2　应用单链片段抗体技术选择性导入siRNA239

13 RNA干扰技术在感染性疾病中的应用243

13.1　病毒性肝炎的RNA干扰疗法244

13.1.1 干扰丙型肝炎病毒基因244

13.1.2　干扰乙型肝炎病毒基因246

13.1.3　宿主肝细胞的Fas基因的RNA干扰249

13.1.4　宿主肝脏细胞因子基因的RNA干扰251

13.1.5　宿主肝细胞癌基因的RNA干扰252

13.2 HIV感染的RNA干扰疗法252

13.2.1 HIV感染人类靶细胞的周期254

13.2.2 RNA干扰控制HIV感染255

13.2.3 RNA干扰在治疗HIV感染中存在的问题和解决方法260

13.2.4　抗HIV的RNA干扰药物开发的前景264

14 RNA干扰技术在恶性肿瘤中的应用266

14.1.1 Ras基因的RNA干扰267

14.1　癌基因的RNA干扰267

14.1.2 Her2基因的RNA干扰271

14.2　丧失杂合性等位基因的RNA干扰275

14.2.1 ASI抗肿瘤疗法的基本原理276

14.2.2　逆基因药物应用于ASI的研究278

14.3　肿瘤血管生成的RNA干扰280

14.3.1 肿瘤血管形成的机制与肿瘤血管系统280

14.3.2　血管生成因子的RNA干扰282

14.4　肿瘤化疗耐药的RNA干扰285

14.4.1 ABC转运蛋白的RNA干扰286

14.4.2　谷胱甘肽转移酶与化疗耐药288

14.4.3　抗凋亡基因的RNA干扰289

实验1　体外siRNA单链的2′-ACE去保护和退火合成方法292

附录　常用RNA干扰技术的实验方法292

实验2 siRNA去盐和乙醇沉淀的方法293

实验3　定量检测siRNA的方法294

实验4 Klenow反应的方法294

实验5　寡核苷酸和去氧核酶的鉴定295

实验6　寡核苷酸模板的凝胶提纯方法296

实验7　前体RNA的体外转录的方法297

实验8　前体转录本的去氧核酶消化方法298

实验9　消化产物定量和siRNA的制备方法299

实验10　构建U6启动子启动的siRNA表达载体的方法300

实验11　构建携带shRNA的蔓病毒的方法302

实验12 RNA干扰基因敲低鼠模型的建立方法303

参考文献306