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1．生物系统学概述1

1.1 生物系统学定义和研究范畴1

1.1.1 生物系统学的定义1

1.1.2 生物系统学的研究范畴2

1.1.3 生物系统学的科学意义4

1.2 动物系统学的发展历史5

1.2.1 林奈前期5

1.2.2 林奈时期6

1.2.3 达尔文时期7

1.2.4 新系统学时期7

1.2.5 现代生物系统学8

1.2.5.1 进化系统学8

1.2.5.2 数值分类学9

1.2.5.3 支序系统学10

1.3 生物系统学在生物学发展史上的作用11

1.3.1 理论生物学方面11

1.3.2 应用生物学方面11

1.3.3 对其它生物学分支学科的贡献12

1.4 挑战与未来12

1.4.1 关于物种的鉴定和分类12

1.4.2 关于物种相互关系的研究13

1.4.3 未来与机遇13

2．支序系统学基本概念与术语15

2.1 支序系统学对生物系统学的贡献16

2.2 支序系统学的基本概念和术语18

2.2.1 关于分类的术语18

2.2.1.1 分类18

2.2.1.2 自然分类18

2.2.1.3 人为分类19

2.2.1.4 安排19

2.2.1.5 等级系统和阶元19

2.2.2 关于分类类群的术语20

2.2.2.1 分类单元20

2.2.2.2 自然分类单元和人为分类单元21

2.2.2.3 单系群、并系群和多系群21

2.2.2.4 祖先分类单元24

2.2.2.5 分支25

2.2.2.6 内群和外群25

2.2.2.7 姐妹群25

2.2.3 描述分类单元相互关系的术语27

2.2.3.1 关系27

2.2.3.2 支序图27

2.2.3.2.1 有关支序图的术语28

2.2.3.2.2 有关支序图的类型29

2.2.3.3 系统发育树29

2.2.3.4 套嵌框图30

2.2.4 与性状有关的术语30

2.2.4.1 性状30

2.2.4.1.1 近祖性状和共近祖性状31

2.2.4.1.2 近裔性状和共近裔性状32

2.2.4.1.3 自近裔性状32

2.2.4.1.4 同源性状和非同源性状33

2.2.4.2 性状演变系列33

2.2.4.3 性状论证与性状优化35

2.2.4.4 性状编码和性状数据矩阵35

2.2.5 与推断方法有关的术语36

2.2.5.1 支序图的优化36

2.2.5.2 简约法36

2.2.5.3 同等简约的支序图36

2.2.5.4 合意分析36

2.2.5.5 支序图的长度36

3．选取研究对象与性状分析37

3.1 选取研究对象（内群）37

3.2 性状分析39

3.2.1 选择和描述性状40

3.2.2 性状论证41

3.2.2.1 外群分析41

3.2.2.1.1 如何选择外群42

3.2.2.1.2 外群分析的具体方法46

3.2.2.2 个体发育56

3.2.2.2.1 个体发育与系统发育56

3.2.2.2.2 利用个体发育信息推断系统发育的两种途径56

3.2.2.2.3 关于个体发育方法的争论59

3.2.3 性状编码62

3.2.3.1 性状演变系列的类型62

3.2.3.1.1 二性状演变系列62

3.2.3.1.2 多性状演变系列63

3.2.4 性状优化70

3.2.5 性状权衡71

4．建立与优化支序图的技术73

4.1 建立支序图的几种经典方法73

4.1.1 Hennig论证73

4.1.2 包含／排除规则75

4.1.3 Wagner算法78

4.1.3.1 Wagner算法中特定的术语78

4.1.3.2 Wagner算法的具体步骤80

4.2 建立优化支序图的标准84

4.2.1 简约法85

4.2.1.1 Wagner简约法87

4.2.1.2 Fitch简约法91

4.2.1.3 Dollo简约法94

4.2.1.4 Camin-Sokal简约法96

4.2.1.5 多态现象简约法97

4.2.2 相容法101

4.3 处理祖先性状含糊性的辅助标准101

4.3.1 寻找最简约的重建集104

4.3.2 ACCTRAN辅助标准105

4.3.3 DELTRAN辅助标准106

4.4 寻找最简约的支序图的最新技术111

4.4.1 精确的算法111

4.4.1.1 彻底搜索111

4.4.1.2 分枝界限搜索112

4.4.2 启发式搜索113

4.4.2.1 加入顺序113

4.4.2.2 分支互换115

4.4.2.2.1 最近邻居互换115

4.4.2.2.2 亚支序图修剪与嫁接116

4.4.2.2.3 二分支序图与重联118

5．支序图的比较121

5.1 支序图的量度121

5.1.1 支序图的长度122

5.1.2 一致性指数123

5.1.3 F-比131

5.2 合意支序图技术134

5.2.1 严格合意支序图135

5.2.2 Adams合意支序图138

5.2.3 多数合意支序图140

5.2.4 Nelson合意支序图141

6．根据系统发育关系建立自然分类145

6.1 一个分类的表述形式146

6.1.1 林奈等级系统146

6.1.2 数字前缀系统146

6.1.3 缩进与附属系统147

6.2 根据系统发育关系建立自然分类的方法148

6.2.1 Hennig的同等级别法149

6.2.2 采用一套约定建立分类150

6.3 修改一个现行的分类155

6.3.1 一个分类到分类分支图解的转换156

6.3.1.1 只能转换成一个分类树的分类156

6.3.1.2 能转换成多个分类树的分类157

6.3.2 判别系统发育与分类逻辑一致的方法：逻辑一致158

6.3.2.1 分类树衍生物方法158

6.3.2.2 套嵌框图法159

索引161

中英文名词对照165

参考文献169