ChemOffice 2008实用教程 化学结构绘图分子模拟数据整合PDF|Epub|txt|kindle电子书版本网盘下载

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第1章ChemOffice基础知识1

1.1什么是ChemOffice1

1.2发展历史1

1.3应用领域2

1.4组件2

1.4.1 ChemDraw2

1.4.2 Chem3D3

1.4.3 ChemFinder4

1.5新增功能4

1.6如何获得帮助5

1.7安装与启动5

1.7.1系统配置要求5

1.7.2系统的安装、启动与退出6

1.8其他化学绘图软件8

第2章ChemDraw操作基础10

2.1 ChemDraw的工作环境10

2.1.1工作界面10

2.1.2标题栏11

2.1.3菜单栏12

2.1.4工具栏13

2.1.5图形工具箱14

2.1.6编辑/绘图区15

2.2文件基本操作15

2.3绘图操作基础17

2.3.1图形基本操作17

2.3.2 “Undo”和“Redo”命令19

2.3.3插入对象19

2.4自定义ChemDraw的工作界面20

2.4.1页面参数的设置20

2.4.2文档的设置24

2.4.3工具条的显示与隐藏28

第3章 利用ChemDraw绘制图形33

3.1绘图工具33

3.1.1键工具简介33

3.1.2绘图工具的使用38

3.1.3绘图实例39

3.2文本的操作40

3.2.1文本的输入40

3.2.2文本的编辑41

3.2.3原子标记42

3.3绘制箭头、弧及其他图形45

3.4绘制结构式48

3.4.1绘制普通化学结构式48

3.4.2绘制反应中间体50

3.4.3绘制复杂环结构52

3.4.4绘制Fischer投影式54

3.4.5绘制透视图55

3.4.6绘制Newman投影式57

3.4.7绘制立体化学结构式59

3.5绘制反应式60

3.5.1绘制反应方程式60

3.5.2绘制反应历程67

3.6轨道和化学符号69

3.6.1轨道工具简介69

3.6.2轨道工具绘图实例69

3.6.3化学符号工具简介71

3.7绘制生物分子73

3.7.1生物分子模板工具简介74

3.7.2绘制DNA/RNA分子图像74

3.7.3绘制β麦芽糖酶（β-Maltose）结构75

3.7.4绘制DNA双螺旋结构76

3.8绘制简单的反应设备79

3.9绘制TLC图形81

3.10化学查询工具82

3.10.1化学查询工具简介82

3.10.2化学查询工具的使用83

3.11高级绘图技巧85

3.11.1结构展开与调整85

3.11.2名称与结构之间的转化87

3.11.3俗名的使用87

3.11.4多中心结构与多连接标记89

3.11.5图形颜色调整90

3.11.6获取结构式的3D图形91

3.12综合实例92

3.12.1苯亲电取代反应进程位能变化曲线图的绘制92

3.12.2立体化学反应历程的绘制95

第4章ChemDraw的扩展功能99

4.1显示分析信息99

4.2显示物理性质101

4.3显示元素周期表102

4.4预测NMR谱103

4.4.1 1H-NMR谱预测104

4.4.213C-NMR谱预测105

4.5结构式与命名互相转换106

4.5.1由结构式给出IUPAC标准命名107

4.5.2由IUPAC标准命名给出结构式107

4.6 ChemDraw与Word及Chem3D关联109

4.6.1 ChemDraw与Word关联109

4.6.2 ChemDraw与Chem3D关联110

4.7 ChenDraw的在线工具111

4.7.1在线查找111

4.7.2在线浏览113

4.7.3在线注册113

第5章Chem30操作基础114

5.1 Chem3D的工作环境114

5.1.1工作界面114

5.1.2标题栏115

5.1.3菜单栏115

5.1.4工具栏125

5.1.5 3D图形显示区126

5.1.6消息显示窗口126

5.1.7动画工具栏127

5.2文件基本操作127

5.3图形基本操作128

5.4自定义Chem3D的工作界面129

5.4.1页面参数设置129

5.4.2文档的设置132

5.4.3工具条的显示与隐藏135

第6章Chem30模型的建立及操作136

6.1 3D模型的建立136

6.1.1从已有文件中导入136

6.1.2从ChemDraw中导入137

6.1.3使用键工具绘制139

6.1.4使用文本工具绘制143

6.1.5使用绘图模板绘制145

6.2对模型的操作149

6.2.1平移及旋转150

6.2.2轴的显示及隐藏153

6.2.3模型的放大及缩小153

6.2.4显示原子符号、编号及背景颜色153

6.2.5模型显示模式155

6.3利用Chem3D进行分析155

6.3.1相关数据的显示156

6.3.2结构调整159

6.4 2D图形与3D图形的转换159

6.4.1 2D图形与3D图形之间的立体关系159

6.4.2 2D图形转化为3D图形160

6.4.3 3D图形转化为2D图形161

第7章 化学计算163

7.1 MM2计算164

7.1.1能量最低计算164

7.1.2分子动力学计算165

7.2 GAMESS计算168

7.2.1 Minimize Energy计算169

7.2.2 Optimize to Transition State计算170

7.2.3 Compute Properties计算171

7.2.4 Run Frequency计算173

7.2.5预测IR/Raman光谱176

7.2.6预测NMR谱178

7.3 Gaussian计算179

7.4 Jaguar计算179

7.5 MMFF94计算180

7.5.1原子类型和电荷180

7.5.2最小能量计算180

7.5.3势能计算182

7.6 MOPAC计算182

7.6.1 Minimize （Energy/Geometry）计算183

7.6.2 Optimize to Transition State计算184

7.6.3 Compute Properties计算187

7.6.4预测光谱190

第8章Chem30综合实例192

8.1实例一：预测红外光谱192

8.2实例二：预测核磁共振谱197

8.3实例三：计算过渡态能量200

第9章ChemFinder操作基础203

9.1 ChemFinder的工作环境204

9.1.1对窗体和数据库的理解204

9.1.2使用ChemFinder数据库205

9.1.3工作界面205

9.1.4工具栏207

9.1.5状态栏208

9.2窗体209

9.2.1创建及保存窗体209

9.2.2编辑窗体211

9.2.3窗体安全性216

9.3数据库219

9.3.1创建数据库219

9.3.2打开数据库227

9.3.3数据库检索230

9.4创建个性化的数据库250

9.4.1在窗体中关联已有数据库250

9.4.2增加记录253

9.4.3 BioViz组件258

9.4.4设置子窗体271

9.4.5化合物剖面图275