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第1章 蝴蝶的分类研究1

1.1 国外蝶类分类研究1

1.2 国内蝶类分类研究3

参考文献4

第2章 蝶类线粒体基因组7

2.1 蝶类昆虫线粒体基因组7

2.2 线粒体基因组的研究方法9

2.2.1 基于物理分离的方法9

2.2.2 基于常规PCR技术的方法9

2.2.3 基于LA-PCR技术的方法9

2.2.4 高通量测序技术10

2.2.5 线粒体基因组数据的分析方法10

2.3 蝶类线粒体基因组全序列测序进展12

2.4 线粒体基因组在蝶类系统发育研究中的应用17

2.4.1 16S rDNA基因18

2.4.2 Cytb基因19

2.4.3 COⅠ和COⅡ基因20

2.4.4 ND1和ND5基因22

2.4.5 线粒体基因组全序列22

参考文献25

第3章 蝶类的分子系统学研究37

3.1 分子系统学的研究内容与方法37

3.1.1 蛋白质水平标记37

3.1.2 DNA分子标记38

3.1.3 DNA序列分析44

3.2 系统发育的推断方法——构建分析系统发育树45

3.2.1 系统发育树45

3.2.2 常用的系统发育树45

3.3 蝶类分子系统学的研究进展47

参考文献54

第4章 材料与方法62

4.1 材料62

4.2 方法62

4.2.1 DNA提取62

4.2.2 引物设计63

4.2.3 PCR扩增63

4.2.4 序列的拼接和注释64

4.3 序列分析及系统发育树的构建64

4.3.1 序列比对64

4.3.2 系统发育信号检测65

4.3.3 系统发育树的构建65

参考文献66

第5章 10种蝴蝶的线粒体基因组分析68

5.1 玉斑凤蝶线粒体基因组68

5.1.1 线粒体基因组全序列的结构与组成68

5.1.2 基因间隔与重叠70

5.1.3 碱基组成特征70

5.1.4 蛋白质编码基因71

5.1.5 核糖体RNA和转运RNA72

5.1.6 A+T富含区76

5.2 玉带凤蝶线粒体基因组77

5.2.1 线粒体基因组全序列的结构与组成77

5.2.2 基因间隔与重叠79

5.2.3 碱基组成特征79

5.2.4 蛋白质编码基因80

5.2.5 核糖体RNA及转运RNA81

5.2.6 A+T富含区86

5.3 碧凤蝶线粒体基因组86

5.3.1 线粒体基因组全序列的结构与组成86

5.3.2 基因间隔与重叠88

5.3.3 碱基组成特征88

5.3.4 蛋白质编码基因89

5.3.5 核糖体RNA和转运RNA90

5.3.6 A+T富含区94

5.4 金斑喙凤蝶（广西亚种）线粒体基因组95

5.4.1 线粒体基因组全序列的结构与组成95

5.4.2 基因间隔与重叠97

5.4.3 碱基组成特征97

5.4.4 蛋白质编码基因97

5.4.5 核糖体RNA和转运RNA97

5.4.6 A+T富含区101

5.5 燕凤蝶线粒体基因组102

5.5.1 线粒体基因组全序列的结构与特征102

5.5.2 基因间隔与重叠104

5.5.3 碱基组成特征104

5.5.4 蛋白质编码基因104

5.5.5 核糖体RNA和转运RNA105

5.5.6 A+T富含区109

5.6 箭环蝶线粒体基因组110

5.6.1 线粒体基因组全序列的结构与特征110

5.6.2 基因间隔与重叠112

5.6.3 碱基组成特征112

5.6.4 蛋白质编码基因113

5.6.5 核糖体RNA和转运RNA114

5.6.6 A+T富含区118

5.7 蓝点紫斑蝶线粒体基因组119

5.7.1 线粒体基因组全序列的结构与组成119

5.7.2 基因间隔与重叠121

5.7.3 碱基组成特征121

5.7.4 蛋白质编码基因122

5.7.5 核糖体RNA和转运RNA124

5.7.6 A+T富含区128

5.8 枯叶蛱蝶线粒体基因组129

5.8.1 线粒体全序列的结构与组成129

5.8.2 基因间隔与重叠131

5.8.3 碱基组成特征131

5.8.4 蛋白质编码基因131

5.8.5 核糖体RNA和转运RNA133

5.8.6 A+T富含区137

5.9 黄斑弄蝶线粒体基因组140

5.9.1 线粒体基因组全序列的结构与组成140

5.9.2 基因间隔与重叠142

5.9.3 碱基组成特征142

5.9.4 蛋白质编码基因143

5.9.5 核糖体RNA及转运RNA144

5.9.6 A+T富含区148

5.10 青斑蝶线粒体基因组149

5.10.1 线粒体基因组全序列的结构与组成149

5.10.2 基因间隔与重叠151

5.10.3 碱基组成与特征151

5.10.4 蛋白质编码基因152

5.10.5 核糖体RNA和转运RNA153

5.10.6 A+T富含区157

参考文献158

第6章 基于16S rRNA和16S rRNA+Wingless基因联合序列蝶类的系统发育162

6.1 材料与方法163

6.1.1 材料163

6.1.2 系统发育树的构建164

6.2 结果与分析165

6.2.1 基于16S rRNA序列构建的NJ、MP和BI系统发育树165

6.2.2 基于16S rRNA+Wingless基因联合序列构建的NJ、MP和BI系统发育树165

6.3 讨论172

6.3.1 总科级分类单元的系统关系172

6.3.2 科级分类单元的系统关系172

6.3.3 不同数据集和构树方法间的差异173

6.3.4 外群的选择173

参考文献174

第7章 基于线粒体基因组全序列鳞翅目的系统发育分析177

7.1 材料与方法178

7.1.1 物种选取178

7.1.2 系统发育树的构建180

7.2 结果与分析180

7.3 讨论186

7.3.1 总科级分类单元的系统关系186

7.3.2 科级分类单元的系统关系186

参考文献188

第8章 基于线粒体基因组全序列与核基因EF-1α序列的蝶类系统发育分析191

8.1 材料与方法192

8.1.1 物种选取192

8.1.2 数据分析及系统发育树的构建193

8.2 结果与分析194

8.3 讨论208

8.3.1 科级分类单元的系统发育关系208

8.3.2 不同数据集及构树方法的影响208

参考文献210

第9章 基于线粒体基因组全序列与无翅基因（Winglees）序列蝶类的系统发育分析212

9.1 材料与方法213

9.1.1 物种的选取213

9.1.2 系统发育树的构建214

9.2 结果与分析214

9.2.1 基于线粒体蛋白质编码基因核苷酸序列构建的NJ、MP和BI系统发育树215

9.2.2 基于线粒体蛋白质编码基因＋Wingless基因的核苷酸联合序列构建的NJ、MP和BI系统发育树215

9.2.3 基于线粒体蛋白质编码基因的氨基酸序列构建的NJ、MP和BI系统发育树215

9.2.4 基于线粒体蛋白质编码基因＋Wingless基因的氨基酸联合序列构建的NJ、MP和BI系统发育树216

9.3 讨论222

9.3.1 总科级分类单元的系统关系222

9.3.2 科级分类单元的系统关系223

参考文献224