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前言1

第1章 多样的物种1

1.1 物种数目2

1.2 物种在地球上的分布8

第2章 生物进化思想的产生和发展10

2.1 宇宙和生命的诞生10

2.1.1 宇宙的起始10

2.1.2 宇宙是如何诞生的11

2.1.3 宇宙是何时开始的12

2.1.4 地球的诞生13

2.1.5 生命的诞生14

2.2 进化论产生14

2.3 生物进化的例证18

2.3.1 生物进化的直接证据—化石18

2.3.2 孑遗生物19

2.3.3 同源器官19

2.3.4 趋同19

2.3.5 保护色和拟态19

2.3.6 协同进化19

2.3.7 进化辐射20

2.3.8 痕迹器官和特殊构造20

2.3.9 进化事件21

2.3.10 人工选择21

2.3.11 人工进化实验22

2.4 共同由来的经典例证22

2.4.1 形态学证据22

2.4.2 胚胎学证据22

2.4.3 生理生化证据23

2.4.4 生物地理学证据23

2.4.5 分子生物学证据23

2.4.6 生物系统学证据24

2.5 进化论的发展24

2.5.1 遗传的物质基础24

2.5.2 新达尔文主义27

2.5.3 综合进化论28

2.5.4 新综合进化论28

2.6 现代进化论面临的挑战29

2.6.1 分子进化29

2.6.2 中性论30

2.6.3 间断平衡论31

第3章 自然选择32

3.1 种群32

3.2 自然选择的基础：遗传变异32

3.2.1 遗传变异的证明33

3.3 种群内基因频率的改变34

3.3.1 哈迪-温伯格平衡35

3.3.2 自然选择35

3.3.3 自然选择的例证36

3.4 自然选择的外在表现37

3.4.1 单向性选择38

3.4.2 稳定性选择39

3.4.3 分裂性选择39

3.4.4 平衡性选择40

第4章 性选择41

4.1 性的意义41

4.2 性别产生过程43

4.2.1 为什么大多数生物只有两性43

4.2.2 性别产生需要多少个基因参与44

4.3 性选择产生原因44

4.4 性选择方式45

4.4.1 性内选择45

4.4.2 性间选择48

4.5 雌雄角色的多样性50

4.6 动物的婚配制度51

4.7 植物的性系统53

4.8 性选择的结果54

第5章 自然选择的单位56

5.1 群选择58

5.2 亲选择61

5.2.1 亲选择理论61

5.2.2 绿胡须效应64

5.2.3 亲子冲突65

5.2.4 同胞相残66

5.2.5 互惠利他66

5.3 动物社会性的起源和进化66

5.3.1 社会性起源66

5.3.2 社会性起源：多少基因68

5.4 配子选择69

5.5 物种及其他水平的选择70

第6章 影响进化的其他力量72

6.1 突变72

6.2 基因流动73

6.3 近亲繁殖74

6.4 遗传漂变76

6.4.1 奠基者效应77

6.4.2 瓶颈效应78

第7章 进化的结果—适应80

7.1 保护色81

7.1.1 隐身色81

7.1.2 反阴影色81

7.1.3 迷彩色82

7.2 警戒色82

7.3 拟态84

7.3.1 贝氏拟态84

7.3.2 缪氏拟态85

7.3.3 波氏拟态85

7.3.4 瓦氏拟态85

7.3.5 集体拟态86

7.4 特化86

7.5 适应的相对性87

7.6 进化的方向88

7.7 进化的速度88

7.8 当前仍在进化吗？89

第8章 物种概念90

8.1 模式物种概念91

8.2 唯名论的物种概念92

8.3 生物学物种概念94

8.4 识别物种概念102

8.5 进化物种概念102

8.6 系统发育物种概念103

8.7 内聚物种概念105

8.8 调和物种概念105

8.9 基因簇物种定义106

第9章 物种形成109

9.1 物种形成过程109

9.2 物种形成方式111

9.2.1 异域种化111

9.2.2 同域种化113

9.2.3 邻域物种形成116

9.3 再次同域117

9.4 种化的速度119

9.4.1 影响种化速度的因素120

9.5 种化的极端方式121

9.5.1 物种灭绝122

9.5.2 适应辐射122

9.6 种化模式125

第10章 物种分类127

10.1 分类特征127

10.2 基本分类阶元层次及分类单元131

10.3 检索表134

第11章 高级分类单元的性质和进化136

11.1 高级分类单元的起源136

11.2 决定体制和形态的因素137

11.3 高级分类单元的进化138

11.4 高级分类单元的性质139

第12章 物种命名概要141

12.1 命名的必要性141

12.2 生物命名法规要点141

12.2.1 拉丁文字142

12.2.2 双名142

12.2.3 三名143

12.2.4 种名的变动143

12.2.5 语法144

12.2.6 发表与模式144

12.2.7 优先律145

12.2.8 高级分类单元的名称146

12.2.9 确立新分类单元147

第13章 支序系统学简介148

13.1 缘起148

13.2 分支过程的推导150

13.2.1 共祖近度150

13.2.2 同源特征与异源同形152

13.2.3 特征衍化153

13.2.4 使用共有衍征推导分支过程155

13.2.5 支序分析的程序化160

13.2.6 合意163

13.2.7 分支图与系统树的关系163

13.3 形式分类164

13.3.1 单系群164

13.3.2 支序系统学的分类原则166

第14章 进化分类学派及其与支序分类学派的论战169

14.1 进化分类学派与支序分类学派的异同169

14.2 论战171

争论一：单系群的定义171

争论二：系统发育概念和亲缘关系171

争论三：祖先172

争论四：时间种173

争论五：化石173

争论六：进化级174

争论七：祖先分类单元174

争论八：相似程度175

争论九：特征间隔175

争论十：生物学175

争论十一：进化过程176

争论十二：进化趋势176

争论十三：分类系统与分支图的一致性177

争论十四：分类系统的稳定性177

争论十五：二分支还是多分支？178

争论十六：向上分类还是向下分类178

争论十七：自然分类还是人为分类178

争论十八：种类平衡179

争论十九：分类层次179

争论二十：谁更接近达尔文182

第15章 数值分类学派183

15.1 数值分类学派的主要主张184

15.2 数值分类程式184

15.2.1 确定分类操作单元184

15.2.2 选择特征并数量化184

15.2.3 特征处理185

15.2.4 计算185

15.2.5 根据相似度进行运算和归群并作表型图189

15.2.6 形式分类189

15.3 评论189

第16章 分子系统学简介192

16.1 分子系统学研究的主要步骤192

16.1.1 选择要研究的类群192

16.1.2 采集标本193

16.1.3 确定分子标记193

16.1.4 纯化基因193

16.1.5 测序193

16.1.6 寻找同源序列193

16.1.7 比对193

16.1.8 确定序列长度195

16.1.9 构树196

16.1.10 方法和树的选择200

16.1.11 评价树200

16.1.12 讨论和比较202

16.2 评论202

第17章 生物地理学概要204

17.1 扩散与隔离分化204

17.1.1 扩散理论205

17.1.2 隔离分化理论205

17.2 生物分布格局进化假说206

17.2.1 大陆漂移假说206

17.2.2 太平洋洲假说207

17.2.3 地球膨胀假说208

17.3 生物地理学的流派及分析方法208

17.3.1 泛生物地理学208

17.3.2 系统发育生物地理学208

17.3.3 分支生物地理学209

17.3.4 特有简约性分析210

17.3.5 分子标记的生物地理学分析210

17.4 地理区划210

参考文献212

附录1 部分常见生物种名释义（中文）231

附录2 部分常见生物种名释义（拉丁文）246

附录3 部分常见生物命名词汇表（中文西文对照）261

附录4 部分常见生物命名词汇表（西文中文对照）269

中文索引287

西文索引294